D'un très grand intérêt halieutique, les poissons migrateurs rythment les saisons des pêcheurs de l'estuaire.
Pour les espèces amphihalines (espèces qui effectuent une partie de leur cycle en eau douce et une autre partie en mer), l'estuaire est un passage obligatoire.
Les espèces thalassotoques vont en mer pour
se reproduire, c'est le cas de l'Anguille.
Les espèces potamotoques sont marines mais se
reproduisent en eau douce : les lamproies, les aloses, le Saumon atlantique,
la Truite de mer, l'Éperlan, le Flet, le Mulet et bien sûr
l'Esturgeon d'Europe.
L'Anguille (Anguilla anguilla) est exploitée
aussi bien au stade alevin (civelle) qu'au stade subadulte (le stade
adulte reproducteur ne se rencontrant qu'en Atlantique lors de la migration
vers la mer des Sargasses). L'anguille est une ressource halieutique
de tout premier ordre au niveau local, national et européen.
Dans l'estuaire de la Gironde, c'est essentiellement la civelle, ou "pibale",
qui fait l'objet d'une pêche importante entre novembre et mai.
L'Alose vraie (Alosa alosa), ou Grande
alose est relativement abondante malgré la restriction
de son aire de reproduction (obstacles, destruction de frayères).
L'Alose feinte (Alosa fallax), ou gatte est
une espèce de plus petite taille et beaucoup moins abondante
que la Grande alose.
Les lamproies : la durée importante de sa vie
larvaire la Lamproie marine la rend sensible aux pollutions.
La Lamproie fluviatile ou Lamproie de rivière,
plus petite, serait fortement braconnée sur certains affluents
de l'estuaire de la Gironde.