Les estuaires sont des zones d’une grande productivité mais d’une diversité biologique restreinte.

La production primaire de l’estuaire de la Gironde a deux origines possibles : le phytoplancton (s.s.) et les algues microscopiques des fonds estuariens qui sont remises en suspension par les courants.
Dans la partie médiane de l’estuaire, la turbidité des eaux s’oppose à l’entrée de la lumière et la production primaire est nulle.

Le zooplancton permanent est largement dominé par des petits crustacés de l’ordre du millimètre : les Copépodes dont le plus abondant est Eurytemora affinis.

Les peuplements de l’estuaire sont généralement caractérisés par un petit nombre d’espèces comprenant un grand nombre d’individus. La salinité joue un rôle essentiel dans la répartition des espèces.

La crevette blanche (Palaemon longirostris) commercialisée sous le nom de « chevrette », est une espèce très abondante dans l’estuaire où elle accomplit la totalité de son cycle biologique. Sur le littoral atlantique, la Gironde représente le seul lieu où ce crustacé est présent de façon permanente et abondante.

Le poisson autochtone qui est le plus abondant dans l’estuaire est le Gobie buhotte (Pomatoschistus minutus) dont la population est relativement stable depuis 1981.
La plupart des poissons rencontrés dans l’estuaire sont d’origine marine : Congre, Raie, Sole, Anchois, Sprat, Bar, Syngnathe…

Les poissons qui ont un grand intérêt pour la pêche sont des grands migrateurs.