Par la Garonne et la Dordogne il arrive chaque seconde de 800 à 1 000 m³ d’eau douce chargée de sédiments ; dans le même temps, deux fois par jour à marée montante, 15 000 à 25 000 m³ d’eau de mer pénètrent à l’embouchure.
La rencontre de l’eau douce, riche en limons, avec l’eau salée fait floculer les particules argileuses qui forment un bouchon vaseux caractéristique des eaux estuariennes.
La Gironde charrie chaque année de deux à huit millions de tonnes de particules en suspension. Une partie des matières en suspension (1,5 à 3 millions de tonnes par an) se dépose, formant des bancs et des îles.
Le bouchon vaseux est un véritable piège pour les polluants et notamment pour les métaux tels que le zinc ou le cadmium.